Fondazione Monza e Brianza per il bambino e la sua mamma
Progetto Screening Neonatale Malattie Metaboliche Esteso mediante pannelli NGS

Il concetto di screening neonatale per una malattia metabolica è stato introdotto per la prima volta nel 1963 da Robert Guthrie per la Fenilchetonuria.
Il programma di screening neonatale prevede che tutti i neonati vengano sottoposti a test biochimici effettuati su poche gocce di sangue posti su carta bibula (cartoncino tipo Guthrie) prelevate dal tallone del neonato tra le 48 e 72 ore di vita.
L’utilizzo della spettrometria di massa tandem (LC-MS/MS) negli ultimi anni ha consentito un’analisi multimetabolita su un’unica goccia di sangue, portando a modificare il concetto di screening neonatale. Queste patologie, rare singolarmente, mostrano elevata frequenza come gruppo e sono suscettibili di trattamento. Se non diagnosticate possono portare rapidamente ad exitus o a gravi sequele neurologiche. La diagnosi precoce mediante screening neonatale consente una terapia in fase presintomatica.
Lo Screening Neonatale Esteso (SNE) introdotto in Lombardia prevede l’analisi di oltre 40 patologie metaboliche ereditarie: acidurie organiche, difetti della b-ossidazione degli acidi grassi, aminoacidopatie e difetti del ciclo dell’urea. Il centro malattie metaboliche dell’Unità Complessa di Pediatria della FMBBM di Monza è stato identificato come uno dei 3 centri di riferimento clinico (CCR) dalla Regione Lombardia.
Lo SNE potrà essere nei prossimi anni ampliato alle malattie lisosomiali suscettibili di trattamento (ad esempio M. di Pompe, M. di Fabry, Mucopolisaccaridosi I e M. di Gaucher).
Lo SNE è l’inizio di un percorso finalizzato alla presa in carico e trattamento dei neonati affetti al fine di garantire loro un tempestivo intervento terapeutico farmacologico e/o dietetico. Ciò richiede un approfondimento a livello genetico-molecolare nei 74 geni corrispettivi alle patologie metaboliche inserite nel pannello biochimico, per garantire un percorso efficace di diagnosi precoce ed una corretta consulenza familiare.
L’obiettivo di questo progetto di ricerca è di sviluppare un sistema analitico rapido ed efficiente con la prospettiva di poter assumere una posizione di riferimento regionale per una diagnostica molecolare di secondo livello a supporto dello SNE.
Il progetto prevede l’utilizzo di una piattaforma NGS (Next Generation Sequencing), in particolare PGM – Ion Torrent™ che consentirà di sequenziare contemporaneamente i 74 geni candidati associati alle patologie inserite nel pannello SNE in tempi rapidi e costi contenuti. Tutte le analisi di sequenziamento verranno eseguite presso il laboratorio di Genetica Molecolare situato presso l’edificio U8 dell’Università di Milano-Bicocca. Il laboratorio ha un’esperienza decennale sulla genetica delle malattie metaboliche ed è da 15 anni centro di riferimento nazionale e internazionale (ex- Consorzio per la Genetica Molecolare Umana) per le analisi di genetica molecolare inerenti, in stretta collaborazione con il centro della Pediatria.
Il progetto prevede diverse fasi: progettazione, messa a punto della metodica, validazione della metodica e, infine, il trasferimento alla fase diagnostica.
La progettazione consiste nell’identificazione dei geni coinvolti e la costruzione di 3 pannelli di geni diversi da utilizzare in funzione del sospetto clinico e biochimico. Tale fase è già stata eseguita e i pannelli sono già stati definiti e comprendono circa 30 geni per pannello, poiché alcuni geni sono comuni a diverse patologie.
La fase di messa a punto consiste nella verifica della copertura delle regioni genomiche (in genere pari al 97%) relative ai geni costituenti ogni singolo pannello che permette quindi di definire l’efficienza analitica nell’identificazione di varianti genetiche. Il riscontro di eventuali regioni di interesse con una copertura non ottimale, dovrà richiedere un approfondimento mediante sequenziamento diretto (sequenziamento secondo metodica Sanger).
Lo scopo è garantire il sequenziamento dell’intera regione codificante di ciascun gene, i siti di splicing (+50nt) e le regioni di regolazione non tradotte (5’ e 3’ UTR).
La metodica Sanger sarà inoltre applicata per confermare la mutazione identificata nel caso indice e la ricerca della stessa all’interno della famiglia per comprendere se la mutazione è ereditaria o de novo al fine di poter impostare un corretto counselling genetico.
La fase di validazione consiste nell’analisi in cieco di campioni noti, forniti dalla Pediatria Fondazione MBBM, che presentano mutazioni nei geni del pannello SNE.
Per quanto riguarda la fase diagnostica, sulla base dell’esperienza in atto, si prevedono 4-5 analisi/settimanali. La tempistica di refertazione è al momento da prevedere tra le 2 e le 3 settimane, ma è assai probabile che possa ridursi in modo significativo nella fase routinaria.  Va considerato che attualmente le tempistiche di conferma molecolare del sospetto clinico-biochimico sono nell’ordine dei 6-12 mesi.
La realizzazione del progetto (per giungere alla fase diagnostica) complessivamente, richiederà circa 3-4 mesi ed i successivi 6 mesi saranno dedicati all’applicazione diagnostica della metodica e ad eventuali correzioni in itinere per raggiungere la massima efficienza analitica.
Riteniamo che tale progetto abbia una grande valenza per i pazienti e le famiglie. Inoltre, esso costituirebbe il necessario completamento dell’attività clinica del CCR di Monza valorizzando le sue già note competenze nell’ambito delle malattie metaboliche e sviluppando ulteriormente le collaborazioni clinico-laboratoristiche già esistenti nel nostro Ospedale che hanno permesso il suo inserimento a pieno titolo tra i membri dell’European Reference Network Metabolico (MetabERN).
L’investimento iniziale per la progettazione, messa a punto e validazione della metodica prevede le seguenti voci di spesa:
– Tre pannelli NGS disegnati specificatamente per i tre gruppi di patologie oggetto dello SNE (Aminoacidopatie, Difetti Beta-Ossidazione, Acidemie Organiche) il cui costo complessivo è circa € 16.000.
– Contratto (borsa di studio, altro) per una biologa specializzata in Genetica Medica con competenza specifica nell’ambito delle malattie metaboliche ereditarie: € 4.000.
Una volta raggiunta la validazione si entrerà nella fase applicativa diagnostica, in cui sarà necessario garantire una figura specializzata che dovrà occuparsi delle analisi compresa l’interpretazione dei dati mediante software analitici dedicati e che dovrà interfacciarsi regolarmente con i medici del centro per le malattie metaboliche della Pediatria per discutere insieme i risultati e le necessità di eventuali approfondimenti ulteriori.
La richiesta complessiva di finanziamento per la realizzazione della fase iniziale del progetto è di € 20.000.
I curatori del progetto sono: il Prof. A. Biondi (Direttore della Clinica Pediatrica Fondazione MBBM),  Dr.ssa S. Gasperini (Servizio di Malattie Metaboliche), Prof. A. Piperno (Direttore Laboratorio di Genetica Molecolare) e Dott.ssa F. Bertola (Responsabile di progetto).
La Fondazione Alberto Mascherpa Onlus ha donato 16.200 Euro ad Ottobre 2017.
A fine Giugno 2018, La Fondazione Alberto Mascherpa Onlus ha donato 4.000 Euro per completare il progetto.